「更新」タグアーカイブ

ソフトウエア更新のお知らせ(ADF,ANSYS,Gaussian,MATLAB)

以下のソフトウエアを更新しました。

ADF

2016.101 から 2017.111 へバージョンアップしました。ADF の実行方法については、下記をご参照ください。

 

[username@hokusai:~] vi adf.sh
#!/bin/sh
#—— pjsub option ——–#
#PJM -L rscunit=gwacsg
#PJM -L rscgrp=adf
#PJM -L vnode=1
#PJM -L vnode-core=12
#PJM -L elapse=1:00:00
#PJM -g Q99999
#PJM -j
#——- Program execution ——-#
module load adf
$ADFBIN/adf -n 12 input > output

例:バッチジョブの投入
バッチジョブの投入に成功した場合、ジョブIDが割り振られます(下記では「12345」)。
[username@hokusai:~]$ pjsub ansys.sh
[INFO] PJM 0000 pjsub Job 12345 submitted.

ANSYS

18.2 から 19.0 へバージョンアップしました。これに伴い、ANSYS 起動コマンドが ansys182 から ansys190 に変更されましたのでご留意願います。ANSYS の実行方法については、下記をご参照ください。

例:PRE/POST 処理
[username@hokusai1 ~/ANSYS] module load ansys
[username@hokusai1 ~/ANSYS] ansys190 -g -p preppost例:ソルバー用ジョブ実行スクリプト
[username@hokusai1 ~] vi ansys.sh
#!/bin/sh
#—— pjsub option ——–#
#PJM -L rscunit=gwacsl
#PJM -L rscgrp=ansys
#PJM -L vnode=1
#PJM -L vnode-core=1
#PJM -L elapse=1:00:00
#PJM -g Q99999
#PJM -j
#——- Program execution ——-#
module load ansys
ansys190 -b nolist -p mpba < ansys_run.txt > file.out

例:バッチジョブの投入
バッチジョブの投入に成功した場合、ジョブIDが割り振られます(下記では「12345」)。
[username@hokusai1 ~]$ pjsub ansys.sh
[INFO] PJM 0000 pjsub Job 12345 submitted.

Gaussian16

Gaussian16 B.01をインストールしました。対象システムは bwmpc, gwmpc, gwacsg, gwacslです。Gaussian16 の実行方法については、下記をご参照ください。

[username@hokusai1 ~] vi g16_mpc_seq.sh
#!/bin/sh
#—— pjsub option ——–#
#PJM -L rscunit=bwmpc
#PJM -L rscgrp=gaussian
#PJM -L vnode-core=1)
#PJM -L elapse=1:00:00
#PJM -g Q18999
#PJM -j
#——- Program execution ——-#
module load gaussian
g16 test0001.com例:バッチジョブの投入
バッチジョブの投入に成功した場合、ジョブIDが割り振られます(下記では「12345」)。
[username@hokusai1 ~]$ pjsub g16_mpc_seq.sh
[INFO] PJM 0000 pjsub Job 12345 submitted.

MATLAB

MATLAB R2017a から R2018a へバージョンアップしました。MATLABはアプリケーション演算サーバ群GPU演算サー(gwacsg)のみで実行可能です。MATLABの実行手順を以下に説明します。

*注意事項
アプリケーション演算サーバ群GPU演算サーバ(gwacsg)でMATLABをお使い頂けるのは、MATLABライセンスを理研の所属研究室でお持ちの方に限られます。MATLAB をご利用になられる場合、ライセンス所有状況を確認させて頂きますのでスパコンを利用中の方でMATLABの利用を希望される場合お持ちのMATLABライセンスをhpc@riken.jpまでお知らせください。

バッチジョブ実行方法

例:ジョブ実行スクリプト
[username@hokusai1 ~]$ vi matlab.sh
#!/bin/sh
#—— pjsub option ——–#
#PJM -L rscunit=gwacsg
#PJM -L rscgrp=matlab
#PJM -L vnode=1
#PJM -L vnode-core=12
#PJM -L elapse=1:00:00
#PJM -g Q99999
#PJM -j
#——- Program execution ——-#
module load matlab
matlab -nodisplay -r sample

例:バッチジョブの投入
バッチジョブの投入に成功した場合、ジョブIDが割り振られます(下記では「12345」)。
[username@hokusai1 ~]$ pjsub matlab.sh
[INFO] PJM 0000 pjsub Job 12345 submitted.

ソフトウエア更新のお知らせ(Intel Parallel Studio XE 2017 Update 2)

Intel Parallel Studio XE 2017 Update 2をインストールいたしました。

■対象サーバ gwacsg, gwacsl

変更点などの情報はリリースノート をご参照下さい

なお、インテルコンパイラのマニュアルは利用者ポータル(https://hokusai.riken.jp)から参照可能です。(要ログイン)

[Documents]
-> [Application Computing Server(Intel Parallel Studio XE Composer Edition 2017)]
-> [C++ Compiler and libraries]
-> [Fortran Compiler and libraries]
-> [Intel MKL]
-> [Intel MPI]

コンパイル手順については、下記をご参照ください。

■ 逐次プログラムのコンパイル方法
[username@greatwave1 ~]$ module load intel
[username@greatwave1 ~]$ icc test.c

■mpi並列プログラムのコンパイル方法
[username@greatwave1 ~]$ module load intel
[username@greatwave1 ~]$ mpiicc test.c
利用に関して不明な点がある方は hpc@riken.jp までお問い合わせ下さい。